Trong cuộc chiến chống lại triều đình Tây Sơn, Nguyễn Ánh giành được nhiều sự giúp đỡ của người Pháp, đặc biệt là giám mục Pigneau de Béhaine (hay còn gọi là Bá Đa Lộc) để củng cố quân đội và tạo cho mình một thế đứng vững vàng. Cũng đồng thời lúc đó vua Quang Trung của Tây Sơn đột ngột qua đời, nhà Tây Sơn rơi vào cảnh "cốt nhục tương tàn", triều đình nhanh chóng suy yếu và mất lòng dân. Nguyễn Ánh ra sức tấn công và đến năm 1802 đánh bại hoàn toàn Tây Sơn, lên ngôi hoàng đế, lập ra triều đại nhà Nguyễn[1].Sau khi diệt xong nhà Tây Sơn, nhà Nguyễn vẫn có quan hệ tốt với Pháp, đặc biệt, những người Pháp như Chaigneau, Vannier và Despiau làm quan tại triều, Gia Long (Nguyễn Ánh) cho mỗi người 50 lính hầu và khi chầu thì không cần lạy Hoàng đế.[1]

Năm 1817, chính phủ Pháp phái chiếc Cybèle tới Đại Nam để thăm dò bàn giao. Thuyền trưởng là Achille De Kergariou nói rằng vua Louis XVIII sai sang xin thi hành những điều ước do Bá Đa Lộc ký năm 1787 về việc nhường cửa Đà Nẵng và đảo Côn Lôn. Vua Gia Long sai quan ra trả lời rằng những điều ước ấy nước Pháp trước đã không thi hành thì nay bỏ, không nói đến nữa. Tuy nhiên, sự bành trướng của châu Âu ở Đông Nam Á khiến Gia Long e ngại, nhất là sau khi người Anh đánh chiếm được Singapore. Nhà vua thấy rằng cần phải giao hảo với người Tây phương nhưng không thể biệt đãi một quốc gia đặc biệt nào. Năm 1819, John White, một thương gia Hoa Kỳ tới Gia Định và được hứa hẹn sẽ dành cho mọi sự dễ dàng khi buôn bán ở Đại Nam.[2]

Vị vua kế tục Gia Long là Minh Mạng không có cảm tình với người Pháp như thái độ chung của người Á Đông lúc đó, coi người châu Âu là bọn man di, quân xâm lược.[3] Ngoài ra ông cũng không thích cả Công giáo của châu Âu. Trong thời kỳ Minh Mạng nắm quyền, tín đồ Công giáo và triều đình xung đột quyết liệt. Với những người Pháp đã từng giúp vua Gia Long, Minh Mạng tỏ thái độ lạnh nhạt nên khi Chaigneau trở lại Đại Nam không được trọng dụng nữa. Minh Mạng cho Chaigneau hay rằng không cần phải ký thương ước giữa hai chính phủ, người Đại Nam vẫn đối xử tốt đẹp với người Pháp là đủ, ông chỉ thỏa thuận mua bán với người Pháp nhưng không chấp nhận xây dựng đặt quan hệ ngoại giao chính thức với nước Pháp, quốc thư của Pháp xin cho ông Chaigneau làm Lãnh sự Pháp ở Đại Nam không được nhà vua đếm xỉa đến.

Vào giữa thế kỷ 19, ở Đại Nam đã có khoảng 300.000 người theo đạo Kitô. Hầu hết các giám mục và linh mục đều nói tiếng Pháp hoặc tiếng Tây Ban Nha. Trong giai đoạn này diễn ra nhiều cuộc nổi loạn liên quan đến các giáo sĩ. Phó đô đốc Bonard đã mô tả về tình hình Đại Nam và các giáo sĩ trước khi diễn ra cuộc chiến với Pháp như sau:[4]

Hầu hết người Đại Nam thời bấy giờ không thích và nghi ngờ cộng đồng Kitô giáo. Người Pháp lại bắt đầu cảm thấy có trách nhiệm đảm bảo tính mạng cho họ. Việc triều đình Đại Nam sách nhiễu các Kitô hữu cuối cùng giúp Pháp có một lý do để tấn công Đại Nam.[5] Sự căng thẳng càng ngày càng gia tăng. Do những việc cấm đạo và tàn sát giáo dân của vua Minh Mạng mà ngay trong năm 1838 đã có sĩ quan Hải quân Fourichon đề nghị nước Pháp gửi Hải quân tới can thiệp nhưng bị Ngoại trưởng Pháp là Guizot bác bỏ.[6] Dư luận Pháp thì sôi sục vì các tin tức về việc ngược đãi giáo dân của Minh Mạng truyền về từ Đại Nam nên ủng hộ đề nghị dùng vũ lực.[7] Khi Thiệu Trị nối ngôi có thái độ mềm mỏng hơn, cho thả một số linh mục bị bắt và tỏ ý sẽ cho tàu sang Châu Âu mua bán nhưng sự kiện đụng độ tại Đà Nẵng năm 1847 giữa tàu Pháp và Đại Nam khiến nhà vua tức giận và ông ra lệnh xử tử ngay tại chỗ tất cả người Âu bắt được tại Đại Nam.

Khi Tự Đức lên cầm quyền, triều đình vẫn không cải cách đất nước,[8] không có một biện pháp nào đối phó với phương Tây, ngược lại chỉ cấm đạo và cấm mua bán quyết liệt hơn trước.[8][9] Nhân vụ An Phong công Hồng Bảo mưu phản, tìm cách liên hệ với các giáo sĩ để soán ngôi mà nhà vua cho công bố 2 đạo dụ cấm đoán Công giáo các năm 1848 và 1851, từ 1848-1860.

Ngày 16 tháng 9 năm 1856, tàu chiến Catinat đưa phái viên Pháp mang quốc thư đến Đà Nẵng nhằm thiết lập quan hệ ngoại giao với Đại Nam để có thể thông thương và tự do truyền đạo, nhưng triều đình Huế lo ngại không chịu tiếp.[10] Thất bại trong việc thiết lập quan hệ ngoại giao cùng với việc dò xét tình hình nội bộ triều đình, theo tác giả Nguyễn Thế Anh là nhằm phục vụ âm mưu xâm lược Đại Nam, ngày 26 tháng 9 năm 1856, hải quân Pháp khai hỏa bắn phá các đồn lũy rồi kéo lên khóa tất cả các đại bác bố trí ở trên bờ, sau đó tàu nhổ neo bỏ đi.[11] Một tháng sau, ngày 24 tháng 10, chiến hạm Capricieuse lại cập bến cảng Đà Nẵng xin được gặp các quan lại trong triều để thương lượng, nhưng cũng bị cự tuyệt. Cuối cùng, ngày 23 tháng 1 năm 1857, một phái viên tên là Montigny của Napoléon III cập bến Đà Nẵng yêu cầu được tự do truyền đạo và buôn bán. Theo Thomazi, thực ra đây chỉ là một chuyến đi dọn đường sẵn cho cuộc can thiệp vũ trang khi đánh xong Nhà Thanh ( Trung Quốc lúc bấy giờ ) .[12] Cho nên, ngay trước khi Montigny đến Đà Nẵng một tháng, Bộ trưởng Hải quân Pháp là Hamelin đã tiếp viện thêm cho hạm đội Pháp ở Thái Bình Dương, và Bộ trưởng Ngoại giao nước Pháp là Walewski cũng đã ra lệnh cho Phó Đô đốc Rigault de Genouilly, lúc đó đang chỉ huy hạm đội Pháp tham gia cuộc tấn công Trung Quốc, sau khi bắn phá và chiếm cứ xong Quảng Châu phải kéo ngay quân xuống đánh Đại Nam. Tác giả Nguyễn Thế Anh nhận định: rõ ràng việc cử Montigny sang triều đình Huế chỉ có giá trị ngoại giao hình thức, còn mọi kế hoạch đều đã được sắp đặt từ trước, chỉ đợi thời cơ và kiếm cớ để nổ súng. Vấp phải thái độ của triều đình Huế cương quyết cự tuyệt không tiếp, trước khi rút lui về nước, ông đã đe dọa sẽ dùng vũ lực để trừng phạt nếu không đình chỉ việc cấm đạo, đồng thời ông cũng cấp báo về nước yêu cầu cử binh chiếm gấp Nam Kỳ.[13] Trước khi xuống tàu về nước, ông còn đưa giáo sĩ Pellerin về Pháp yêu cầu Napoleon III cử binh sang Đại Nam để bênh vực những người theo đạo.[14] Pellerin kêu gọi Napoleon III đưa quân sang xâm lược Việt Nam và ông sẽ làm người dẫn đường cho quân Pháp. Hội truyền giáo ngoại quốc ở Paris ủng hộ cuộc vận động của Pellerin. Tây Ban Nha đang bất bình vì linh mục Diaz bị giết nên sẵn lòng liên minh với Pháp đánh Đại Nam.[15]

Ngày 22 tháng 4 năm 1857, Napoleon III quyết định lập ra Hội đồng Nam Kì để xét lại Hiệp ước Versailles đã được ký kết năm 1787 giữa Pigneau de Behaine, đại diện cho Nguyễn Ánh và Montmorin, đại diện cho Louis XVI.[16][17] Âm mưu của Pháp lúc đó là muốn dựa vào Hiệp ước Versailles để "hợp pháp hóa" việc mang quân sang đánh chiếm Đại Nam. Nhưng trong thực tế thì hiệp ước đó đã bị thủ tiêu ngay sau khi ký kết, Chính phủ Pháp lúc đó không có điều kiện thi hành vì còn lo đối phó với ngọn sóng cách mạng đang dâng cao trong nước.[18] Họ không thể dựa vào cớ thi hành hiệp ước để đưa quân chiếm đóng Đà Nẵng, Côn Đảo, đòi độc quyền thương mại và tự do truyền đạo ở Đại Nam như các điều khoản của hiệp ước đã ghi. Mặc dù vậy, người Pháp vẫn quyết định cử quân sang đánh chiếm Đại Nam, lập luận rằng việc đem quân đánh chiếm Nam Kỳ đã từ lâu nằm trong dự kiến của nước Pháp, đến nay thi hành chẳng qua chỉ là tiếp tục truyền thống cũ, trung thành với một "quốc sách" đã được các chính phủ tiếp tục theo đuổi qua các thời kì mà thôi. Tháng 7 năm 1857, Napoleon III quyết định can thiệp vào Đại Nam bằng vũ lực.[19] Pháp đã lấy cớ trả thù việc triều đình Huế không tiếp nhận quốc thư của Pháp do tàu chiến Catina đem đến tháng 9 năm 1856, vì cho là "làm nhục quốc kì" Pháp. Mặt khác, họ còn lấy cớ "bênh vực đạo", "truyền bá văn minh công giáo" để tranh thủ sự đồng tình ủng hộ của dư luận công giáo ở Pháp và Đại Nam. Có quan điểm cho rằng nguyên nhân sâu xa bên trong của âm mưu xâm lược là do nhu cầu tìm kiếm thị trường và căn cứ ở Viễn Đông, nhất là ở miền Nam Trung Quốc, của chủ nghĩa tư bản Pháp đang chuyển mạnh lên con đường đế quốc thực dân, đó là cuộc chạy đua giành giật thị trường giữa Pháp với các nước tư bản khác ở khu vực Viễn Đông, đặc biệt với Anh.[20]

Năm 1857, Hoàng đế Pháp Napoléon III đã thành lập Ủy hội Nghiên cứu Nam Kỳ (Commission de la Cochinchine) gồm nhiều nhân vật thông thạo vùng Viễn Đông và Ủy hội này đã bày tỏ ý kiến nước Pháp phải chiếm cứ ba thương cảng Sài Gòn, Đà Nẵng, Kẻ Chợ để có lợi cho Pháp trên cả 3 phương diện tinh thần, chính trị và thương mại. Hoàng đế Napoléon III đã tán thành ý kiến của Ủy hội.Tháng 11 năm 1857, hoàng đế Napoleon III của Pháp ra lệnh Đô đốc Charles Rigault de Genouilly đem một đoàn viễn chinh sang trừng phạt Đại Nam.

Cùng lúc đó, Tự Đức lại cho xử tử hai nhà truyền giáo Tây Ban Nha. Đây không phải là đầu tiên nhưng cũng không phải là sự cố mới nhất, và lần trước chính phủ Pháp đã bỏ qua các hành động khiêu khích kiểu này. Nhưng lần này, Tự Đức hành xử không đúng thời gian, vì hiện đang diễn ra cuộc Chiến tranh Nha phiến lần thứ 2. Quân đoàn viễn chinh của Anh và Pháp được gửi đến vùng Viễn Đông để trừng phạt Nhà Thanh, và kết quả là người Pháp có thừa quân trong tay để can thiệp vào tình hình Đại Nam.